国税函〔2006〕969号
注释：
部分条款废止。第一条第(二)项和第二条废止，参见《国家税务总局关于异常增值税扣税凭证管理等有关事项的公告》(国家税务总局公告2019年第38号)。
各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局：
今年总局下发的《国家税务总局关于发布已失效或废止的税收规范性文件目录的通知》(国税发〔2006〕62号)将《国家税务总局关于金税工程发现的涉嫌违规增值税专用发票处理问题的通知》(国税函〔2001〕730号，以下简称730号文)第一条、第二条废止。各地反映730号文的有关内容废止后，对金税工程增值税征管信息系统发现的涉嫌违规增值税专用发票(以下简称发票)处理缺乏依据，要求总局予以明确。经研究，现将金税工程增值税征管信息系统发现的涉嫌违规发票处理的有关问题重新明确如下：
一、关于防伪税控认证系统发现涉嫌违规发票的处理
目前，防伪税控认证系统发现涉嫌违规发票分“无法认证”、“认证不符”、“密文有误”、“重复认证”、“认证时失控”、“认证后失控”和“纳税人识别号认证不符(发票所列购买方纳税人识别号与申报认证企业的纳税人识别号不符)”等类型。
(一)属于“无法认证”、“纳税人识别号认证不符”和“认证不符”中的“发票代码号码认证不符(密文与明文相比较，发票代码或号码不符)”的发票，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。税务机关应将发票原件退还企业，企业可要求销售方重新开具。
(二)属于“重复认证”、“密文有误”和“认证不符(不包括发票代码号码认证不符)”、“认证时失控”和“认证后失控”的发票，暂不得作为增值税进项税额的抵扣凭证，税务机关扣留原件，移送稽查部门作为案源进行查处。经税务机关检查确认属于税务机关责任以及技术性错误造成的，允许作为增值税进项税额的抵扣凭证;不属于税务机关责任以及技术性错误造成的，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。属于税务机关责任的，由税务机关误操作的相关部门核实后，区县级税务机关出具书面证明;属于技术性错误的，由税务机关技术主管部门核实后，区县级税务机关出具书面证明。
二、关于增值税专用发票稽核系统发现涉嫌违规发票的处理
目前，增值税专用发票稽核系统发现涉嫌违规发票分“比对不符”、“缺联”和“作废”等类型。
凡属于上述涉嫌违规的发票，暂不得作为增值税进项税额的抵扣凭证，由管理部门按照审核检查的有关规定进行核查，并按有关规定进行处理。经税务机关检查确认属于税务机关责任以及技术性错误造成的，允许作为增值税进项税额的抵扣凭证;不属于税务机关责任以及技术性错误造成的，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。属于税务机关责任的，由税务机关误操作的相关部门核实后，区县级税务机关出具书面证明;属于技术性错误的，由税务机关技术主管部门核实后，区县级税务机关出具书面证明。
三、本通知自2006年5月1日起执行。